Зачаток трахеи, представляющий собой вырост эмбриональной передней кишки, в течение длительного времени сохраняет строение, неотличимое от зачатка пищевода, будучи представлен вплоть до стадии 8 суток инкубации таким же ложномногорядным пластом эмбрионального эпителия, как и этот последний. Однако у 11-дневного куриного зародыша уже заметна дивергентная дифференцировка этих двух имеющих общее происхождение зачатков. В частности, в трахее не образуется продольных складок слизистой оболочки и связанного с их появлением растяжения эпителиального пласта, а в подлежащей мезенхиме обозначаются сгущения клеток, указывающие на начинающуюся дифференцировку хрящевых колец. Итак, особенности в ходе дифференцировки клеточного материала зачатка передней кишки по сравнению с процессами дифференцировки энтодермальных эпителиев кишки и желудка вполне отчетливы: уже на ранних стадиях. Они выражаются в менее правильном, разрыхленном взаиморасположении клеток прехордальной пластинки, слабой отграниченности (в ее составе) будущего материала выстилки передней кишки от прилежащих участков мезодермы и материала переднего конца головного (хордального) отростка; в более крупных, чем в кишечной энтодерме, средних размерах ядер; в более медленных темпах траты желточных включений. Последние два признака сближают материал прехордальной пластинки с зачатком кожной эктодермы. При образовании желобка передней кишки клетки латеральных его стенок имеют расположение, напоминающее отношения клеток в эмбриональном эпидермисе (резко выраженные межклеточные промежутки, заполненные жидкостью).