Хронические процессы в печени охватывают 3 группы заболеваний: хронический гепатит, цирроз и некоторые сосудистые заболевания (тромбофлебит, синдром Budd — Chiari). До сих пор нет единой принятой классификации различных форм хронического гепатита и циррозов. Хронический гепатит часто протекает, как цирроз печени, или сочетается с ним. Существуют известные морфологические различия, которые также можно охарактеризовать с помощью ультраструктурного исследования. После перенесенного вирусного гепатита без явных клинических данных с помощью ультраструктурного исследования печеночной ткани можно установить отечность митохондрий, нарушение их гребешкового строения и увеличение числа цитосом и лизосом. При хроническом персистирующем гепатите наблюдаются также деформация и раздувание митохондрий, количественное снижение зернистости эргастоплазмы, приобретающей форму трубочек (обволакивающих митохондрии), и вакуолизация гладкой эргастоплазмы с появлением множества первичных и вторичных лизосом. Купферовские клетки и коллагеновые волокна увеличены, расширены пространства Диссе. Более выраженные ультраструктурные изменения наблюдаются при хроническом активном гепатите. Кроме перечисленных изменений, могут наблюдаться полностью деформированные митохондрии с разорванными мембранами, зоны внутриклеточной дегенерации; эргастоплазма уменьшена, вакуолизирована, разбросана в виде трубочек; ядра деформированы, с изогнутой мембраной и цито-плазменными включениями; хроматин имеет неправильное расположение; число лизосом и их размеры увеличены; появляются аутофагные вакуоли; клеточная мембрана также деформирована, уплотнена и образует выросты, проникающие в пространство Диссе; в межклеточных пространствах увеличено количество эндотелиальных клеток; вследствие уплотнения мембраны гепатоцита нарушается его трофика.