В направлении от дна к устью крипты можно проследить постепенное изменение эпителия в смысле все большей его дифференцированности; чем ближе к отверстию крипты, тем эпителиальные клетки делаются выше, апикальная каемка — толще, цитоплазма светлее, митозов становится все меньше (в наиболее близких к просвету кишечника частях крипт митозы полностью отсутствуют, так же как и в составе ворсинок). Ядра постепенно смещаются от базальных концов к середине клеток и становятся более однородными по размерам. Несмотря на сохранение эпителием крипт ряда особенностей, сближающих его с эмбриональным эпителием, было бы неправильно считать его просто сохранившимися в составе кишечника участками настоящего эмбрионального эпителия; эпителий крипт не мог не отразить в себе тех изменений, которые претерпел в процессе своей дифференцировки организм зародыша в целом, и в некотором смысле он, несомненно, является более специализированным, чем, например, кишечный эпителий 14-дневного зародыша. В частности, это выражается в наличии (во всех участках эпителия крипт) бокаловидных клеток. Эпителий крипт, в отличие от эмбрионального кишечного эпителия более ранних стадий, является частью сложно дифференцированной системы — частью, специализировавшейся в основном на функции воспроизводства снашивающегося клеточного материала и потому остающейся на более низком уровне дифференцировки, чем другие части той же системы эпителиального пласта.