Более тяжелыми являются ультраструктурные изменения печени при циррозе. Наблюдается полная диссоциация нормальной структуры с выраженным разрастанием соединительной ткани в виде колец (портальный или аннулярный цирроз) наряду с разрастанием сохраненной паренхимы с образованием узлов регенерации. В зависимости от типа и этиологии цирроза (послевирусный, алкогольный, вследствие недостатка питания, калорий, бактериальных инфекций и др.) морфологическая структура различна. При всех формах цирроза самыми характерными и общими являются изменения в гепатоците: в регенерирующих гепатоцитах отсутствуют хорошо выраженные вакуоли эргастоплазмы, но наблюдается изобилие гликогеновых розеток. Зернистость эргастоплазмы исчезает, трубочки разрываются и распространяются в цитоплазме, а иногда скапливаются около митохондрий. Гладкая эргастоплазма состоит из отдельных расширенных трубочек и вакуолей, между которыми видны розетки гликогена. Эти изменения являются, вероятно, выражением нарушенного белкового синтеза. Митохондрии увеличены, отечны, с уплотненной мембраной и нарушенной гребешковой структурой, сильно деформированы. Цитолизосомы увеличены в числе и величине, наблюдаются зоны аутофагии. Мембраны гепатоцитов сильно уплотнены, с множеством микроизвилин и выбуханий в сторону пространства Диссе. Желчный полюс гепатоцита также изменен — сглажены микроворсины со стороны желчных канальцев и часто наблюдаются желчные тромбы. В аппарате Гольджи нарушается его канальцевая структура и не могут образовываться отдельные вакуоли. При активных формах цирроза с быстрым течением имеется выраженный деструктивный процесс с увеличением числа и формы лизосом. При хроническом гепатите и циррозе печени широко определяют активность энзимов как в сыворотке, так и в печеночной ткани. Однако здесь их диагностическое значение намного ниже, чем при вирусном гепатите.