Принцип выпадения промежуточных функций также установлен А. Н. Северцовым при изучении эволюции конечностей и некоторых костей черепа у позвоночных. Однако, несомненно, этот принцип имеет широкое распространение и в эволюционных изменениях других органов, а также клеток и тканей Metazoa. Вероятно, именно в свете этого принципа следует рассматривать выпадение аргиро-фильной преколлагенной стадии в формировании коллагеновых волокон при переходе от «мезенхимального» к «десмальному» способу (Г. В. Ясвоин) развития межклеточного вещества в соединительной и скелетных тканях. В этом же смысле можно трактовать выпадение временной (промежуточной) функции фагоцитоза и внутриклеточного переваривания в ходе гистогенеза кишечного эпителия у млекопитающих (эта функция представлена на ранних стадиях гистогенеза кишечного эпителия у нижестоящих позвоночных). Большое значение А. Н. Северцов придает принципу субституции органов (Kleinenberg, 1886). Тот или иной орган или ткань могут в филогенезе и онтогенезе субституироваться (замещаться) другими с аналогичной функцией. При этом замещающая ткань может либо происходить из того же зачатка или зародышевого листка, что и замещаемая (замена личиночной эктодермы у аннелид эпидермисом взрослого животного, замена мезонефроса метанефросом у позвоночных, замещение хряща костью в составе многих скелетных частей у них же и т. д.), либо из другого источника (замена личиночного эктодермального эпителия дефинитивным мезодермаль-ным у паразитических плоских червей, субституция хорды хрящевым позвоночником, замена зубов роговым клювом у птиц и т. п.).