С началом инкубации клетки переваривают находящийся в них желток, соединяются в единый пласт — эмбриональный тканевой зачаток; клеточные границы делаются трудно различимыми (а при некоторых обработках, особенно в желточной энтодерме, вовсе неразличимыми). Ядра в этом пласте располагаются на разных уровнях. В гистогенезе как кишечного, так и желточного эпителия началу собственно тканевой («функциональной») дифференцировки предшествуют (или с ним совпадают) перераспределение ядер в один базальный ряд и вновь отчетливое выявление клеточных границ, т. е. приобретение характера однослойного (строго однорядного) призматического эпителия. Желточный эпителий является специализировавшимся на переваривании и всасывании желтка участком энтодермы, т. е. зачатка, превращающегося у форм с бедными желтком яйцами целиком в эпителий кишечной трубки и его железистые дериваты. У рептилий и птиц количество желтка в яйце настолько велико, что если бы он продолжал оставаться целиком внутри бластомеров, то препятствовал бы дроблению, и потому в процессе развития большая часть его выделяется в особую внеклеточную массу. Для переваривания и всасывания этой внеклеточной массы желтка часть энтодермы и проделывает специальную ускоренную дифференцировку, превращаясь в желточный эпителий. Филогенетически, следовательно, процесс дифференцировки желточного эпителия есть вторичное видоизменение процесса дифференцировки кишечного эпителия, возникшее как приспособление к новым условиям питания зародыша при переходе от голобластического к меробластическому типу развития.